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RSGIでは2つのタイプのプロジェクトを柱としています。1つは、高度好熱菌と古細菌のゲノムにコードされているすべてのタンパク質の構造・機能解析を目指すものです。これらの生物のゲノムには生命を維持するための必要最小限の情報が凝縮されており、生命にとって最も基本的な情報を得ることができます。もう1つは、医学的・生物学的に重要なヒト、マウス、シロイヌナズナをターゲットとするものです。タンパク質の構造と機能の解析において、ヒトやマウスを主な対象にしている例は海外ではまだ数少なく、RSGIの特徴だといえます。