理研メタデータベースは、理研の成果をより広く研究者の方に活用していただくことを目的に、
理研の研究者が公開するデータベースのメタデータを体系的に整理して公開するサービスです。

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絞り込み（メタデータのあるDBのみ）

  • 生物種
  • 対象
  • センター
  • データ種
CLhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/CL

Cell Ontology
(Original site: http://cellontology.org)

CLOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/CLO

Cell Line Ontology (CLO)
(Original site: http://www.clo-ontology.org)

CMOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/CMO

Clinical Measurement Ontology
(Original site: http://sourceforge.net/projects/phenoonto/)

CSSOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/CSSO

Clinical Signs and Symptoms Ontology
(Original site: http://mdb.bio.titech.ac.jp/csso)

ChEBIhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/ChEBI

Chemical Entities of Biological Interest (ChEBI)
(Original site: http://www.ebi.ac.uk/chebi/)

EFOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/EFO

Experimental Factor Ongology
(Original site: http://www.ebi.ac.uk/efo)

GOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/GO

Gene Ontology (GO)
(Original site: http://geneontology.org)

LUhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/LU

Left Unit Ontology
(Original site: http://metadb.riken.jp/metadb/ontology/LU)

MAhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/MA

Mouse Adult Gross Anatomy (MA)
(Original site: http://www.informatics.jax.org/searches/AMA_form.shtml)

MCCVhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/MCCV

Microbial Culture Collection Vocabulary (MCCV)
(Original site: http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MCCV?p=classes)

MEOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/MEO

Metagenome and Microbes Environmental Ontology
(Original site: http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MEO)

MFOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/MFO

Medaka fish anatomy and development
(Original site: http://bioportal.bioontology.org/ontologies/MFO)

MPhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/MP

Mammalian Phenotype (MP)
(Original site: http://www.informatics.jax.org/searches/MP_form.shtml)

MPATHhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/MPATH

Mouse pathology
(Original site: http://www.obofoundry.org/ontology/mpath.html)

NCBITaxonhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/NCBITaxon

NCBI Organismal Classification (NCBITaxon)
(Original site: http://wiki.obofoundry.org/wiki/index.php/NCBITaxon:Main_Page)

OME_OWLhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/OME_OWL

OME data model in OWL

ORDOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/ORDO

Orphanet Rare Disease Ontology
(Original site: http://bioportal.bioontology.org/ontologies/ORDO)

PATOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/PATO

Phenotypic Quality (PATO)
(Original site: http://wiki.obofoundry.org/wiki/index.php/PATO:Main_Page)

PCThttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/PCT

PreComposed terms for detailed phenotype
(Original site: http://metadb.riken.jp/metadb/ontology/PCT)

PDOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/PDO

Pathogenic Disease Ontology
(Original site: http://mdb.bio.titech.ac.jp/pdo)

RDVJhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/RDVJ

Rare disease vocabulary in Japanese
(Original site: http://metadb.riken.jp/db/RDVJ)

ROhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/RO

OBO-relation ontology (RO)
(Original site: https://code.google.com/p/obo-relations/)

RShttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/RS

Rat Strain Ontology (RS)
(Original site: http://rgd.mcw.edu/rgdweb/ontology/view.html?acc_id=RS:0000457)

SIOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/SIO

Semanticscience Integrated Ontology
(Original site: http://semanticscience.org)

SSBDOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/SSBDO

SSBDO

STATOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/STATO

Statistics Ontology
(Original site: http://stato-ontology.org/)

UBERONhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/UBERON

Uber Anatomy Ontology (UBERON )
(Original site: http://uberon.github.io)

UOhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/UO

Units of Measurement (UO)
(Original site: https://code.google.com/p/unit-ontology/)

ZFAhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/ZFA

Zebrafish Anatomy and Development (ZFA)
(Original site: http://zfin.org/zf_info/anatomy/dict/sum.html)

ZPhttp://metadb.riken.jp/metadb/ontology/ZP

Zebrafish Phenotype Ontology
(Original site: http://www.berkeleybop.org/ontologies/upheno/vertebrate-reasoned.owl)

理研メタデータベースについて

理研メタデータベースは、理研の成果をより広く研究者の方に活用していただくことを目的に、理研の研究者が公開するデータベースのメタデータを体系的に整理して公開するサービスです。

本データベースでは、メタデータの世界標準技術であるセマンティックウエブやResource Description Framework(RDF)と呼ぶ枠組みに基づいて生命科学系データを公開しています。

W3C Dataset Descriptions: HCLS Community Profile
HCLSProfile_MataDB_ALL.ttl

理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言 (最終報告)

理研のバイオインフォマティクスに関する技術検討を行うバイオインフォマティクス検討委員会内に設置された「データベース作業部会」において、理研のデータベースやメタデータ整備に関わる方向性や実施指針が議論されてまいりました。その議論の結果が、「理研ライフ系データベース基盤の長期的な方向性に関する提言（最終提言）」としてまとめられました。理研メタデータベースはこの提言に基づいて開発され公開されています。

PDFファイルのダウンロードはこちらです: LongTermRecommendataions_j.pdf