<h1>Database of Curated Plant Phenome</h1><div style="clear: both; -moz-border-radius: 10px 10px 10px 10px; padding: 10px; border: 3px double #b2b280; background: none repeat scroll 0% 0% #ffffee; overflow: hidden; min-width: 950px;"><h2>Phenotype abnormality</h2><p style="font-weight:bold; font-size:120%">Phenotype information standardized by ontologies</p><p>We have collected various kind of phenotypes, including those of morphology, responsibility to environmental factors. They are standardized by combination of ontology terms and <a href="/dbfiles/SciNetS_ria224i/property130924_1.png">properties</a>.</p><p>Phenotypes for morphology are standardized using <a href="/db/SciNetS_ria131i/cria131u9011i">Plant Ontology (PO)</a> or <a href="/db/SciNetS_ria259i/cria259u387i">Trait Ontology (TO)</a>, with <a href="/db/SciNetS_ria135i">Phenotype Ontology (PATO)</a>. PATO is the vocabulary covering terms of characcteristics such as "large" and "long". PO and TO are the vocabularies covering names of organs and developmental stages. Phenotypes of biochemical characteristics or stress tolerance can be expressed using <a href="/db/SciNetS_ria250i">Gene Ontology (GO)</a>, <a href="/db/SciNetS_ria244i/cria244u24431i">ChEBI</a> etc.</p><p>Some phenotypes are observed under some specific environements such as "long-day condition". Such phenotypes have links to environmental factors standardized and listed in <a href="/db/SciNetS_ria224i/cria224u2i">another class</a>.</p><table><tbody><tr><td valign="middle"><a href="/dbfiles/SciNetS_ria224i/property130924_1.png">See semantic link (property) list</a></td><td valigh="middle"> <img src="/dbfiles/SciNetS_ria224i/property130924_1.png" height="30"></td></tr></tbody></table><table></table></div> <div style="clear: both; -moz-border-radius: 10px 10px 10px 10px; padding: 10px; border: 3px double #b2b280; background: none repeat scroll 0% 0% #ffffee; overflow: hidden; min-width: 950px;"><h1>表現型の変異</h1><p style="font-weight:bold; font-size:120%">オントロジーで標準化された表現型情報</p><p>文献から収集された表現型には、形態的特徴、環境への応答性など様々なものがある。ここでは、それらの表現型がすべてオントロジータームとプロパティとの組み合わせで表現され、標準化されてリストされている。</p><p>形態に関する表現型は、原則的に<a href="/db/SciNetS_ria131i/cria131u9011i">Plant Ontology (PO)</a>あるいは<a href="/db/SciNetS_ria259i/cria259u387i">Trait Ontology (TO)</a>の語彙と<a href="/db/SciNetS_ria135i">Phenotype Ontology (PATO)</a>の語彙の組み合わせで表現される。PATOが「大きい」・「長い」などの性質、POがそれが現れる部位(器官名・組織名)および発育段階などをそれぞれ表す。生化学的な性質・ストレス耐性などの表現型は<a href="/db/SciNetS_ria250i">Gene Ontology (GO)</a>, <a href="/db/SciNetS_ria244i/cria244u24431i">ChEBI</a>などのオントロジーも利用して表現する。</p><p>「長日条件」など、ある特定の環境条件で観察される表現型もある。その場合の環境条件は<a href="/db/SciNetS_ria224i/cria224u2i">別のクラス</a>にまとめられており、表現型情報からリンクされている。</p></div> 表現型の変異 Phenotype abnormality