理研データベース電話帳
データベース一覧
FANTOM3
http://metadb.riken.jp/db/FANTOM3
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。(転写開始位置情報として)CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法の開発を行い、ゲノムワイドな転写開始点の同定を行いました。
FANTOM3(データベース一覧)
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FANTOM3
データベース一覧
名称
http://purl.org/dc/terms/title
Functional Annotation of Mouse 3
別称
http://purl.org/dc/terms/alternative
FANTOM3
ホームページ
http://xmlns.com/foaf/0.1/page
http://fantom3.gsc.riken.jp
メタデータへのリンク
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/metadata_link
運用組織/センター
http://purl.org/dc/elements/1.1/publisher
主任研究員研究室
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/riken_labs_chief
ライフサイエンス技術基盤研究センター
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/riken_labs_clst
理化学研究所
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/riken
説明
http://purl.org/dc/terms/description
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。(転写開始位置情報として)CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE(Cap Analysis of Gene Expression)法の開発を行い、ゲノムワイドな転写開始点の同定を行いました。
言語
http://purl.org/dc/terms/language
英語
http://lexvo.org/id/iso639-3/eng
生物種
http://www.w3.org/ns/dcat#organism
Mus musculus
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_10090
Homo sapiens
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_9606
対象
http://xmlns.com/foaf/0.1/primaryTopic
遺伝子/ゲノム
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/genome
各種DNAクローン
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/DNA_clone
実験手法
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/experiment
転写産物/cDNA/RNA/トランスクリプトーム
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/transcript
データ種
http://www.w3.org/ns/dcat#theme
遺伝子発現
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioDataType/GeneExpression
配列
http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioDataType/Sequence
関連論文
http://purl.org/net/cito/citesAsAuthority
S. Katayama, et.al., Antisense transcription in the mammalian transcriptome., Science (New York, N.Y.), 2005, 309
http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16141073
P. Carninci, et.al., The transcriptional landscape of the mammalian genome., Science (New York, N.Y.), 2005, 309
http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16141072
Piero. Carninci, et.al., Genome-wide analysis of mammalian promoter architecture and evolution., Nature genetics, 2006, 38
http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16645617
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