Triticeae Full-Length CDS Database

http://metadb.riken.jp/db/TriFLDB

Triticeae Full-Length CDS Database

データベース一覧

名称

http://purl.org/dc/terms/title

• Triticeae Full-Length CDS Database

別称

http://purl.org/dc/terms/alternative

• TriFLDB

ホームページ

http://xmlns.com/foaf/0.1/page

• http://trifldb.psc.riken.jp/index.pl

メタデータへのリンク

http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/metadata_link

運用組織/センター

http://purl.org/dc/elements/1.1/publisher

• 環境資源科学研究センター
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/riken_labs_csrs
• 理化学研究所
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/riken

説明

http://purl.org/dc/terms/description

• コムギ連作物であるコムギとオオムギの全長コード配列とアノテーション情報を提供しています（コムギ8,530件、オオムギ7,341件）。各全長コード配列につき、様々な配列データベースに対するブラストの結果や、シロイヌナズナ、イネおよびソルガムの相同配列による階層的クラスタ結果、InterProScanによるドメインの予測結果、ESTアライメントが視覚的に表示されます。遺伝子機能やオントロジー(GO)タームによるキーワード検索や、ユーザの配列とコムギ、オオムギ、シロイヌナズナ、イネ、ソルガムとの相同性検索が行えます。

言語

http://purl.org/dc/terms/language

• 英語
  http://lexvo.org/id/iso639-3/eng

生物種

http://www.w3.org/ns/dcat#organism

• Arabidopsis
  http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_3701
• Oryza sativa
  http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4530
• Triticum aestivum
  http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4565
• Hordeum vulgare
  http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4513
• Sorghum bicolor
  http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_4558

対象

http://xmlns.com/foaf/0.1/primaryTopic

• 転写産物／cDNA／RNA／トランスクリプトーム
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/transcript

データ種

http://www.w3.org/ns/dcat#theme

• 配列
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioDataType/Sequence

関連論文

http://purl.org/net/cito/citesAsAuthority

• Keiichi. Mochida, et.al., TriFLDB: a database of clustered full-length coding sequences from Triticeae with applications to comparative grass genomics., Plant physiology, 2009, 150
  http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19448038