Hi-Cクロマチン相互作用に基づく染色体スケールのゲノム配列構築

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Hi-Cクロマチン相互作用に基づく染色体スケールのゲノム配列構築

データベース一覧

名称

http://purl.org/dc/terms/title

• Hi-Cクロマチン相互作用に基づく染色体スケールのゲノム配列構築

別称

http://purl.org/dc/terms/alternative

ホームページ

http://xmlns.com/foaf/0.1/page

メタデータへのリンク

http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/metadata_link

• http://metadb.riken.jp/metadb/db/hic

運用組織/センター

http://purl.org/dc/elements/1.1/publisher

• 理化学研究所
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/riken
• 生命機能科学研究センター
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/4/riken_labs_bdr
• 情報システム本部
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/4/riken_labs_isc

説明

http://purl.org/dc/terms/description

• Hi-Cは染色体コンフォメーションキャプチャー法（3C）に由来し、ゲノムスケールでクロマチンの相互作用を検出可能である。また、de novoゲノムシークエンスやアセンブリによって得られる断片化された核酸配列をつなぎ合わせるスキャフォルディングにも頻繁に使用されている。しかし、Hi-C法は広く普及しているにもかかわらず、特にゲノムスキャフォールドを目的としたサンプル調製法についてはこれまで盛んに検証されてこなかった。　本データベースでは、Hi-Cスキャフォルディングのための複数のサンプル調製キット、プロトコール、及び解析プログラムを用いたベンチマークを提供している。また、サンプル調製手法には、新たに開発したinexpensive and controllable Hi-C (iconHi-C)と名付けた、Hi-Cの調製条件を最適化したプロトコルが含まれる。

言語

http://purl.org/dc/terms/language

• 英語
  http://lexvo.org/id/iso639-3/eng
• 日本語
  http://lexvo.org/id/iso639-3/jpn

生物種

http://www.w3.org/ns/dcat#organism

• Pelodiscus sinensis
  http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_13735

対象

http://xmlns.com/foaf/0.1/primaryTopic

• 転写産物／cDNA／RNA／トランスクリプトーム
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/transcript
• 遺伝子／ゲノム
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/genome

データ種

http://www.w3.org/ns/dcat#theme

• 配列
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioDataType/Sequence
• 遺伝子発現
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioDataType/GeneExpression

関連論文

http://purl.org/net/cito/citesAsAuthority

• Mitsutaka. Kadota, et.al., Multifaceted Hi-C benchmarking: what makes a difference in chromosome-scale genome scaffolding?, GigaScience, 2020, 9
  http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31919520

description

http://purl.org/dc/elements/1.1/description