Alternative Splicing Sequence Enriched Tags

http://metadb.riken.jp/db/ASSETs

Alternative Splicing Sequence Enriched Tags

データベース一覧

名称

http://purl.org/dc/terms/title

• Alternative Splicing Sequence Enriched Tags

別称

http://purl.org/dc/terms/alternative

• ASSETs

ホームページ

http://xmlns.com/foaf/0.1/page

• http://genome.gsc.riken.jp/splicing/

メタデータへのリンク

http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/metadata_link

運用組織/センター

http://purl.org/dc/elements/1.1/publisher

• 理化学研究所
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/riken
• ライフサイエンス技術基盤研究センター
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/Organization/riken_labs_clst

説明

http://purl.org/dc/terms/description

• 二つのマウス細胞株（メラノサイト、メラノーマ）由来の完全長cDNA ライブラリから選択的スプライシングライブラリ(Alternative Splicing Library: ASL)を構築し、そこから濃縮した選択的スプライシングクローン（Alternative Splicing Sequence TagS: ASSETS）の配列データを得ました。ASSETS の配列はスプライシングの上流と下流の配列を含んでいるためにマウスゲノムと配列と比較することで選択的スプライシングのパターンを知ることが可能となります。Watanuki et. al., Nature Methods (2004) のsupplementary informationです。

言語

http://purl.org/dc/terms/language

• 英語
  http://lexvo.org/id/iso639-3/eng

生物種

http://www.w3.org/ns/dcat#organism

• Mus musculus
  http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_10090

対象

http://xmlns.com/foaf/0.1/primaryTopic

• 転写産物／cDNA／RNA／トランスクリプトーム
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/transcript
• 細胞
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget/cell

データ種

http://www.w3.org/ns/dcat#theme

• 配列
  http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioDataType/Sequence

関連論文

http://purl.org/net/cito/citesAsAuthority

• Akira. Watahiki, et.al., Libraries enriched for alternatively spliced exons reveal splicing patterns in melanocytes and melanomas., Nature methods, 2004, 1
  http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15782199