植物フェノーム

表現型の変異
http://metadb.riken.jp/db/SciNetS_ria224i/cria224u1i

表現型の変異

オントロジーで標準化された表現型情報

文献から収集された表現型には、形態的特徴、環境への応答性など様々なものがある。ここでは、それらの表現型がすべてオントロジータームとプロパティとの組み合わせで表現され、標準化されてリストされている。

形態に関する表現型は、原則的にPlant Ontology (PO)あるいはTrait Ontology (TO)の語彙とPhenotype Ontology (PATO)の語彙の組み合わせで表現される。PATOが「大きい」・「長い」などの性質、POがそれが現れる部位(器官名・組織名)および発育段階などをそれぞれ表す。生化学的な性質・ストレス耐性などの表現型はGene Ontology (GO), ChEBIなどのオントロジーも利用して表現する。

「長日条件」など、ある特定の環境条件で観察される表現型もある。その場合の環境条件は別のクラスにまとめられており、表現型情報からリンクされている。

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