- 生物種
- Pelodiscus sinensis
- 運用組織/センター
- 生命機能科学研究センター
- 情報システム本部
- 理化学研究所
- 対象
- 遺伝子／ゲノム
- 転写産物／cDNA／RNA／トランスクリプトーム
- データ種
- 遺伝子発現
- 配列
Hi-Cは染色体コンフォメーションキャプチャー法（3C）に由来し、ゲノムスケールでクロマチンの相互作用を検出可能である。また、de novoゲノムシークエンスやアセンブリによって得られる断片化された核酸配列をつなぎ合わせるスキャフォルディングにも頻繁に使用されている。しかし、Hi-C法は広く普及しているにもかかわらず、特にゲノムスキャフォールドを目的としたサンプル調製法についてはこれまで盛んに検証されてこなかった。 本データベースでは、Hi-Cスキャフォルディングのための複数のサンプル調製キット、プロトコール、及び解析プログラムを用いたベンチマークを提供している。また、サンプル調製手法には、新たに開発したinexpensive and controllable Hi-C (iconHi-C)と名付けた、Hi-Cの調製条件を最適化したプロトコルが含まれる。
